V roce 1999 probíhala evropská štafeta Českou republikou v době letních prázdnin, což znemožnilo účast dětí ze škol. Organizátoři se proto rozhodli uspořádat kromě celoevropského běhu ještě regionální běh v červnu.

Regionální běh se skládal ze čtyř hlavních tras, které se seběhly do Prahy 25.června. Běžci absolvovali celkem 33 denních etap průměrné délky 63 km. Pochodně urazily trasu delší než 2 000 kilometrů a školního programu s názvem „Tým Harmonie“ se zúčastnilo 2 000 dětí ze škol (pouze při regionální části běhu).

Trasy regionálního běhu v roce 1999:

1. Karlovy Vary (18.6.), Chomutov, Ústí nad Labem, Česká Lípa, Liberec, Mladá Boleslav, Praha (25.6.).
2. Domažlice (21.6.), Stříbro, Plzeň, Beroun, Praha (25.6.)
3. České Velenice (21.6.), Jindřichův Hradec, Pelhřimov, Benešov, Praha (25.6.).
4. Ostrava (14.6.), Valašské Meziříčí, Zlín, Zdounky, Brno, Nové Město na Moravě, Pardubice, Kolín, Praha (25.6.).
5. K této trase se postupně připojily trasy z Kyjova (16.6.) a z Vrchlabí (21.6.).
6. Z Olomouce (21.6.) se ještě běžela dvoudenní etapa přes Svitavy a byla zakončena na Růžovém paloučku (22.6.). Zde byly se starosty z okolních měst a obcí jako symbol míru a harmonie vypuštěny bílé holubice.

Evropská etapa běhu, který navštívil Českou republiku ve dnech 17.-25. července 1999 měl celkem 8 denních částí. Mezinárodní tým doprovázený českými běžci urazil přes 650 km. Tento 14 členný mezinárodní tým navštívil v Praze Rádio Svobodnou Evropu a objevil se v reportáži v hlavním sportovním zpravodajství České televize.

Trasa evropské části běhu v roce 1999:
Český Těšín (17.7. – hraniční přechod s Polskem), Ostrava, Rýmařov, Žamberk, Chlumec nad Cidlinou, Praha, Blatná, České Budějovice, České Velenice (26.7. – hraniční přechod s Rakouskem).